本項生物醫學工程博士學位學程之課程設計係由本校工學院教師、醫學院教師及現有工程與醫學（醫師）背景之在學博士生與醫院醫師等共同檢討，並參考國內外生醫工程博士學位學程之課程規劃資料擬訂。所規劃之學程畢業條件為學生至少須修畢30學分（含基礎必修課程9學分、博士論文6學分、專業選修課程9學分、學報討論4學分及科技英文寫作2學分），經博士論文口試通過，並且完成博士學位論文後方得畢業。修業年限為二至七年。課程設計之特色如下：一、 課程分理工與非理工（醫學）背景學生設計：本項博士學位學程係以培養具研發及創新能力的生醫「產品經理」（product manager）及「計畫主持人」（project leader）為宗旨。預計將招生理工與非理工（醫學）背景兩類學生，分別加強專業基礎課程，以培養其生醫工程跨領域整合等專業基礎能力。其中理工背景學生需修二門醫學相關基礎必修課程及「醫療器材開發與驗證」課程，一門研究領域專業選修課程及二門經指導老師認可與其研究主題相關之醫學院選修課程，且需至醫院臨床實驗實習兩個月，以充實其從事生醫工程研究所需臨床知識，日後在扮演「計畫主持人」時具有與醫護人員溝通產品需求的能力；非理工（醫學）背景學生需修二門工程相關基礎必修課程及「醫療器材開發與驗證」課程，二門研究領域專業課程及一門經指導老師認可與其研究主題相關之醫學院選修課程，以充實其從事生醫工程研究所需工程知識，日後在扮演生醫「產品經理」時具有與工程人員溝通生醫產品開發構想及了解生醫產品開發內容的能力。二、 注重臨床工程實務訓練課程：所有理工背景之學生將依研究需要，在修畢通過博士資格考試後，安排前往教學醫院進行實驗實習兩個月，參與實際臨床工程研究，期望能由實務參與了解臨床問題，吸收臨床醫學工程研究經驗，藉以縮短學校教育與臨床生醫工程應用之距離。三、 學生指導教授由工程與醫學背景兩位擔任：為能確實發揮生物醫學工程跨領域之教學研究特色，本項生物醫學工程博士學位學程之學生必須有兩位指導教授，並分別由具理工背景和非理工（醫學）背景（即醫學院或醫院醫師）之老師擔任，其中一位理工背景之老師為其主要指導教授，另一位則為醫學背景（醫生或醫學院老師）之共同指導教授。透過理工與醫學背景兩位指導教授之共同輔導，依照擬進行之研究方向選修相關專業課程，並學習跨領域生醫產品研發歷程與經驗。四、 課程結構設計：本項博士學位學程的課程結構設計分四大部份：(a) 基礎必修課程：依學生背景分理工類與非理工類領域，訂定各自領域必修課程，每領域均有六門基礎必修課程，目的是教導學生學習各自領域外基礎理論； (b)共同必修課程：醫學工程概論、學報討論、科技英文寫作、生醫倫理及博士論文等課程，其中醫學工程概論及生醫倫理不列計畢業學分；(c)專業選修課程：依四項研究領域規劃專業選修課程，提供學生學習專業實務相關之知識，列計9學分為畢業學分。